Budapesten és Pest megyében három vezető, úgynevezett centrumkórház létrehozásáról döntött a kormány, amelyek alá a korábban önálló kórházakat besorolta. A három centrumkórház a Dél-pesti Centrumkórház - Országos Hematológiai és Infektológiai Intézet, az Észak-Közép-budai Centrum, Új Szent János Kórház és Szakrendelő valamint a Szent Imre Egyetemi Oktatókórház.
A Dél-pesti Centrumkórház - Országos Hematológiai és Infektológiai Intézethez tartozik ezentúl a Bajcsy-Zsilinszky Kórház és Rendelőintézet, a Jahn Ferenc Dél-pesti Kórház és Rendelőintézet, a Péterfy Sándor Utcai Kórház-Rendelőintézet, a Toldy Ferenc Kórház és Rendelőintézet (Cegléd) és a Nagykőrösi Rehabilitációs Szakkórház és Rendelőintézet (Nagykőrös) tartozik majd.
Az Észak-Közép-budai Centrum, Új Szent János Kórház és Szakrendelőhöz sorolták a Szent Margit Kórházat és a visegrádi Szent Kozma és Damján Rehabilitációs Szakkórházat.
Egy másik másik rendelet szerint a veszélyhelyzet idejére a Honvédkórház irányítása alá kerül az eddig a Péterfyhez tartozó Baleseti Központ, a váci Jávorszky Ödön Városi Kórház, a budapesti Károlyi Sándor Kórház, a kistarcsai Pest Megyei Flór Ferenc Kórház és az Uzsoki utcai Kórház.
Az országos gyógyintézetekről is rendelkezett a kormány, amelyekből az átszervezése után hat darab maradt, amik alá további társgyógyintézetek kerültek.
Országos gyógyintézetek:
Gottsegen György Országos Kardiológiai Intézet, amelynek a fennhatóság alá került az Állami Szívkórház Balatonfüred,
Heim Pál Országos Gyermekgyógyászati Intézet,
Országos Korányi Pulmonológiai Intézet, amely irányítása alá tartozik a Törökbálinti Tüdőgyógyintézet és a Veszprém Megyei Tüdőgyógyintézet,
Országos Mozgásszervi Intézet - az Országos Reumatológiai és Fizioterápiás Intézet és az Országos Orvosi Rehabilitációs Intézet összeolvadásával jött létre, irányítása alá tartozik a Parádfürdői Állami Kórház,
Országos Onkológiai Intézet irányítás alá pedig a Mátrai Gyógyintézet.
Az országos gyógyintézet és az országos társgyógyintézet vezetőjét - az országos kórház-főigazgató javaslatára - az egészségügyért felelős miniszter nevezi ki és menti fel.
Az országos intézmények szakmai felügyeletét a nemrég létrejött Országos Kórházi Főigazgatóság vezetője (jelenleg Jenei Zoltán) gyakorolja, aki költségvetést érintő adminisztratív döntéseket is hoz. Az egészségügyi intézmények 5 millió forint fölötti beruházásait a főigazgató, 50 millió forint fölött az egészségügyi miniszter bírálja el.