Az egyik legnagyobb kockázat - azon túl, hogy nem lehet tudni, mely ágazatokra, termékkörökre vonatkozna -, hogy nem tudni, rendezi-e a javaslat a terményt exportra eladók felelősségének kérdését.
Jelenleg, ha például gabonát exportra értékesítenek a termelők és a vevő kérésének megfelelően áfamentes számlát állítanak ki, a kereskedő viszont nem fizeti meg a forgalmi adót, akkor az adóhatóság automatikusan megpróbálja a termelőn behajtani azt, természetesen adóbírsággal és késedelmi pótlékokkal megfejelve, mondván, az eladó felelőssége ellenőrizni, hogy tényleg exportra kerül-e a szállítmány. Ez azonban betarthatatlan rendelkezés, amit egyrészről már jogerős bírósági döntés is alátámaszt.
A problémát okoz továbbá, hogy a bírósági gyakorlat nem egységes. Született már ugyanis olyan döntés is, amely az adóhivatalnak adott igazat a jogvitában. A MOSZ ezért szeretné elérni, hogy a készülő áfaszabály tegye egyértelművé ezt a kérdést, mert jelenleg is több - bár egyelőre nem lehet tudni, hogy hány - olyan adóhatósági vizsgálat van függőben, folyamatban illetve lezárás előtt, ahol a termelőkön kérhetik számon az áfa be nem fizetését.
Horváth szerint a fordított áfafizetés bevezetése ronthatja a termelők likviditását is. Ez csak addig nem okoz problémát, míg az eladott áruk ellenértéke 30 napon belül megérkezik, mert így a következő havi áfabevallásban és fizetéskor elszámolható az ügylet forgalmi adója. Ha azonban 30 napnál hosszabb időbe telik a kifizetés, akkor be kell fizetniük a még meg sem kapott összeghez tartozó áfát, a befizetés pedig nem csökkenthető a hó közben beszerzett egyéb input anyagok forgalmi adójával.
Az áfabevallással együtt benyújtott visszaigénylési kérelemmel kapcsolatban is felmerül a kérdés, mennyi időbe telik, míg a NAV visszautalja a kívánt összeget. Az ügylet kamatterhe ugyanis effektív veszteséget okoz a legálisan működő termelőknek, vállalkozásoknak.
További gond lehet, hogy a MOSZ szerint az intézkedés nem lesz hatással az áfa-visszaigénylésre egyébként sem jogosult, ám a feketekereskedelemben leginkább érintett őstermelői kör üzletmenetére. Egyelőre az sem ismert, hogy a fordított áfa bevezetése megváltoztatja-e majd az őstermelők kompenzációs felár rendszerét - hívta fel a figyelmet Horváth Gábor. Szerinte, ha bevezetnék a tételes elszámolást, akkor kizárható lenne az a csalási módszer, hogy az őstermelők és a kereskedők megegyezhessenek arról, hogy a kereskedő számla nélkül kifizeti a kompenzációs felárat az áruért és így a feketén beszerzett áru a teljes termékpályán áfafizetés nélkül menjen végig.