Muiznieks háromnapos magyarországi látogatását követően kiadott közleményében kiemelte, hogy a menekülthelyzetre csak egységes európai fellépés hozhat megoldást, és Magyarország példa nélküli feladattal szembesült azáltal, hogy közel 400 ezer ember érkezett határára nemzetközi védelem reményében az idén.

Az ET emberi jogi biztosa szerint "az utóbbi hónapokban hozott gyors lépések rendkívüli nehézzé tették a nemzetközi védelemhez való hozzáférést, és indokolatlan módon kriminalizálták a bevándorlókat és menedékkérőket" Magyarországon. A 2015 júliusában életbe léptetett, gyorsított menekültügyi eljárásból alapvető jogvédelmi eszközök hiányoznak. Azt is felrótta, hogy miután mára "a Magyarországra elérő migránsok száma ismét nagyon alacsony, már nincs szükség a válságintézkedésekre", így a határon kialakított tranzitzónákat és a gyorsított menekültügyi eljárást "fel kell váltania az emberi jogokkal teljes mértékben összeegyeztethető menekültügyi eljárásnak".

Az ET emberi jogi biztosa bírálta, hogy Magyarország bűncselekménnyé nyilvánította az illegális határátlépést, illetve szerinte az ilyen ügyekben lefolytatott eljárások nem felelnek meg a tisztességes ügymenet előírásainak. "A migránsok és menedékkérők nem bűnözők, és nem szabad őket ekként kezelni".

Azt is felvetette, hogy bár Magyarország arra hivatkozva küldte vissza Szerbiába a migránsokat, hogy utóbbi biztonságos országnak számít, ám ez ellentmond az ENSZ Menekültügyi Főbiztossága (UNHCR) álláspontjának. Miután szinte minden menedékkérő Szerbián keresztül jutott el Magyarországra, a magyar gyakorlat "súlyos akadályát jelenti a nemzetközi védelem (biztosításának), és valós veszélyét hordozza a menedékkérők visszaküldésének, ami sértené az emberi jogok európai egyezményének és az 1951-es menekültügyi egyezménynek az előírásait". Nils Muiznieks problémásnak nevezte azt is, hogy menedékkérőket és a dublini rendelet értelmében Magyarországra visszaküldötteket egyre nagyobb számban vesznek őrizetbe Magyarországon az utóbbi hónapokban. A kormánynak és a politikai vezetőknek tartózkodniuk kellene a migránsokat a társadalmi vagy biztonsági problémákkal összekapcsoló idegengyűlölő megnyilatkozásoktól, amelyek megnehezítik az országban maradó kevés migráns integrációját.

A strasbourgi székhelyű Európa Tanács a kontinens 47 országát összefogó szervezet, amely a demokrácia, a jogállamiság és az emberi jogok érvényesítésére törekszik nemzetközi egyezmények kidolgozásával, azok betartásának figyelemmel kísérésével, testületi állásfoglalásokkal, illetve szakértői tanácsokkal. Az ET égisze alatt működik az Emberi Jogok Európai Bírósága, amelyhez az Emberi Jogok Európai Egyezményének vélt megsértése esetén lehet fordulni, ha az érintett tagállamokban a hazai jogorvoslati lehetőségek kimerültek.