Szép summa gyűlt össze a radioaktív hulladék végleges elhelyezésének, a kiégett üzemanyag átmeneti tárolásának és végleges elhelyezésének, valamint a nukleáris létesítmények leszerelésének finanszírozására 1998-ben létrehozott Központi Nukleáris Pénzügyi Alapban, és az utolsó hivatalos adatok szerint mintegy 170 milliárd forintos összeg tovább nőhet. Az alap 2011-es költségvetésének szöveges indoklása szerint az alap pénzkészlete idén közel 15 milliárd forinttal nőhetett, és "a jövőbeni kiadások fedezése érdekében az alap pénzkészlete a következő években is növekszik" az Országos Atomenergia Hivatal (OAH) szerint. (Az OAH ellenőrzi az alappal rendelkező miniszter által jóváhagyott közép- és hosszú távú terv, valamint az éves munkaprogram végrehajtását.)

Az alap tervezett összes bevételi előirányzata 2011-re 31 329,9 millió forint, amiből a Paksi Atomerőmű Zrt. befizetési kötelezettsége 23 127,5 millió forint. Az OAH közlése szerint azonban több ok, például az atomerőmű üzemidő-hosszabbításának lehetősége jelentős hatást gyakorol a Központi Nukleáris Pénzügyi Alapba történő befizetések mértékére. Mindezt figyelembe véve, noha 2011-ben még az atomerőmű befizetését az alapba konzervatív módon, az elmúlt évek szintjén rögzítve állapították meg, 2012-től az éves befizetési kötelezettség a korábbi évekhez képest csökken.

Emellett a központi költségvetés is támogatja az alapot, a büdzsé idei hozzájárulása több mint 8 milliárd forint lehetett a költségvetés szerint. Egy novemberben benyújtott módosító azonban jelentős változást hozott volna e téren. Bár Orbán Viktor miniszterelnök is támogatta, a parlament végül elsöprő többséggel leszavazta az LMP költségvetési módosító indítványát a közelmúltban, amely azt javasolta, hogy a Központi Nukleáris Pénzügyi Alap (KNPA) kiadásait teljes egészében a Paksi Atomerőmű befizetései fedezzék. Ez további közel 11 milliárd forintos befizetési kötelezettséget rótt volna az erőműre. A párt kalkulációja szerint az alap éves kiadásainak felét az atomerőmű befizetései fedezik, a fennmaradó részt pedig a központi költségvetési támogatásból biztosítják. A költségvetési módosítóként benyújtott javaslatra 12-en szavaztak igennel az MTI tudósítása szerint; Orbán Viktor mellett a fideszes Kovács Zoltán valamint hét LMP-s és három független támogatta az elképzelést, amelyet viszont 300 képviselő ellenzett, így a parlament elvetett.

Az atomerőmű az állami vállalatnak számító MVM tulajdona, vagyis tulajdonképpen az elvetett javaslat abban hozott volna változást, hogy a közvetett állami források arányát növelte volna a közvetlen csökkentésével párhuzamosan. Ez azonban vélhetően a nukleáris forrásból termelt villamos energia költségszintjét emelte volna valamennyivel, ami egyébként nem lett volna ellentétes Jávor Benedek, a javaslatot beterjesztő politikus szándékaival sem, aki azt mondta, szerette volna, ha a teljes támogatást az erőmű fizeti ki, mert akkor kiderülne, hogy az atomenergia nem annyira olcsó, mint azt a közhiedelem tartja.

Korábban egyébként volt már rá példa, hogy a költségvetés a nukleáris alapon igyekezett "spórolni". Szakértői vélemények szerint azonban ahhoz, hogy az alapból az eredetileg meghatározottaktól eltérő célokra - például az államháztartási hiány csökkentésére - lehessen forrást átcsoportosítani, az atomenergia-törvényt kellene megváltoztatni. Minden esetre, az ezredforduló környékén előfordult, hogy az ebből származó pénzeket másra költötték el, mint ahogy a jogszabály rendeli. A Számvevőszék kifogásainak hatására később jogszabályi finomítások történtek. Máshol is előfordult hasonló eset, Nagy-Britanniában azonban, ha el is tértek a szorosan vett céloktól, azonban az atomenergetika területén költötték el a pénzt. Összességében, bár elvi akadálya van az egyéb irányú felhasználásnak, gyakorlati gátja nemigen van, hiszen a törvény megváltoztatása sem lenne lehetetlen. Bár erre utaló jelek egyelőre nincsenek, a költségvetési támogatás visszatartása is megoldható lenne, amennyiben ez a döntéshozók szándékában állna.