A szervezet kifejtette, a Duna magyarországi szakaszának kiszámíthatatlan vízállása egyrészt akadályozza a vízi árufuvarozás széleskörű hazai elterjedését, másrészt negatív hatással van az édesvízkészletek megőrzésére, a mezőgazdaság esetében az öntözésre, az árvizek és belvizek kezelésére, a megújuló energiatermelés kihasználására, a halászatra, a turizmusra és a sportolásra.
A vízi fuvarozás részesedése a fuvarpiacon 4 és 30 százalék között van Európában, Magyarországon viszont alig éri el a 4 százalékot.
Fülöp Zsolt, a szövetség elnöke szerint amíg a Dunán az év minimum 340 napján a korlátozás nélküli hajózás nincs biztosítva 2,5 méteres merüléssel, addig a belvízi szállítások mennyisége nem fog nőni, pedig az összes szállítási mód közül a belvízi hajózás a legenergiatakarékosabb. Az elmúlt években számottevő kikötői fejlesztés volt és van jelenleg is folyamatban, de az MLSZKSZ elnöke szerint ezek a fejlesztések folyamszabályozás nélkül alacsony hatékonysággal hasznosulnak.
Az MLSZKSZ ezért elsődleges feladatnak tartja a Duna kiszámítható vízállásának biztosítását. Ennek egyik módja megfelelő számú vízierőmű építése lenne a folyón, amelyek nemcsak a vízállás szabályozásában játszhatnának szerepet, hanem áramot is termelnének. A vízi közlekedés fejlesztéséhez rendelkezésre állnak uniós források, de ezekre eddig Magyarország pályázott a legkevesebb saját projekttel a Duna-menti régióban.