Fülöp Ferenc 1952-ben született Szankon. 1975-ben szerzett okleveles vegyész diplomát a szegedi József Attila Tudományegyetemen (JATE), három év múlva egyetemi doktor, 1983-ban a kémiai tudomány kandidátusa, 1990-ben pedig a kémiai tudomány doktora lett.
A JATE Szerves Kémiai Tanszékén kezdett dolgozni, 1991-től egyetemi tanár volt a szegedi Szent-Györgyi Albert Orvostudományi Egyetem (SZOTE), majd Szegedi Tudományegyetem (SZTE) Gyógyszerkémiai Intézetében, amelyet 20 évig vezetett.
Az MTA levelező tagjai közé 2007-ben választották, 2013-tól az MTA rendes tagja volt.
Kutatási területe a szerves kémia és a felfedező gyógyszerkutatás volt. Csaknem ezer tudományos cikk szerzőjeként tartják számon, 37 szabadalom köthető a nevéhez. Több nemzetközi szakfolyóirat szerkesztőbizottságának volt tagja.
Kiemelkedő kutatói, tudományos közéleti tevékenységét számos rangos hazai és nemzetközi díjjal ismerték el. Megkapta egyebek mellett a Charles Simonyi-díjat (2002), a Gábor Dénes-díjat (2002), az Akadémiai Szabadalmi Nívódíjat, majd a Széchenyi-díjat (2013), és a 15 európai kémiai társaságot összefogó Chemistry Europe legnagyobb elismeréseként tagjai közé választotta (2016). 2021-ben az MTA Szegedi Akadémiai Bizottsága (SZAB) Pro Scientia Életműdíjával tüntették ki.