A Európai Bizottság szakértőiben az a meggyőződés alakult ki, hogy a magyar kormány szisztematikusan túlbecsüli Paks 2 várható bevételeit, miközben ugyanígy rendszerszerűen alulbecsüli a várható költségeket. Számításaik szerint Paks 2 minden valószínűség szerint veszteséges lesz, és csak állami támogatás révén lesz képes működni. Ami súlyosan torzítja a régiós energiapiacot. Mindez pedig ellentétes az uniós joggal.
A Bizottság szerint a kormány elemzése a várható költségekről indokolatlanul optimista, alulbecsüli a nukleáris beruházások sajátos kockázatait. A becslések során következetesen figyelmen kívül hagyják a lehetséges veszélyeket, például a rosszabb piaci feltételek, a költségek emelkedésének, vagy a határidőkből való kicsúszás lehetőségét. Megkapó kreativitással mindig a számukra kedvező időpontokból vett adatokat, összehasonlításokat használnak: ha kell, a 2008-as válság előtti piaci környezetből indulnak ki; ha az a kedvezőbb, akkor meg 2015-ös adatokat használnak - miközben a bővítésről szóló döntés, amelyet indokolniuk kellene 2014-ben született. Mindezek alapján a Bizottság a magyar kormánynál radikálisan magasabbra becsüli a beruházás várható költségeit (az úgynevezett súlyozott átlagos tőkeköltség (WACC) mutatót 8,3-10 százalékra teszi a magyar kormány 6,2-6,7 százalék közötti becslésével szemben).
A kormány megtérülési számításai a Bizottság véleménye szerint több ponton megalapozatlanok. A várható piaci áramárnál addig modellezgettek, amíg ki nem jött egy olyan magas villamosenergiaár, ami mellett megéri a beruházás. Ezt az új modellt azonban semmi nem indokolja, és nem is támasztja alá - a korábban használt, a realitásokhoz közelebb álló modellek alapján viszont a megtérülési mutatók jóval alacsonyabbak lehetnek.
Ráadásul a Bizottságnak kétségei vannak, hogy pontosak a megtérülési számítások, számos bizonytalansági tényező van bennük. Az ún. belső megtérülési ráta (IRR) átlagértéke (8-8,6 százalék) mindenesetre alacsonyabb, mint a Bizottság által számolt tőkeköltség-mutató átlagértéke (9,1 százalék), azaz a beruházás nagy valószínűséggel - ha csak páratlanul optimista feltételek nem teljesülnek mind a megtérülés, mind a tőkeköltség tekintetében - veszteséges lesz. A veszteséges működés pedig csak valamilyen állami támogatással tartható fenn. Azaz az EB meggyőződése, hogy Paks 2 - a kormány állításaival ellentétben jelentős állami támogatással fog megvalósulni.
Az Európai Bizottság szerint a támogatás potenciális összege a teljes 12,5 milliárd eurós költség, azaz nem a finanszírozás egy kis részét kifogásolják, hanem az egészet - hívja fel a figyelmet Jávor Benedek. Mivel arra is felhívják a figyelmet, hogy valamennyi nem jogszerű támogatás az uniós jog alapján visszafizettethető a kedvezményezettel, alapjaiban kérdőjelezik meg az egész projektet.
A kormány számára egy kiút maradt: megpróbálni bebizonyítani, hogy az állami támogatás indokolt és jogszerű. Viszont ezzel kapcsolatban is van néhány rossz híre a Bizottságnak. Szerintük a támogatás szelektív, komolyan torzíthatja a piaci versenyt, miközben a kormány egyelőre nem juttatott el olyan információkat a Bizottságnak, amelyek alapján olyan piaci hiányosságok volnának megállapíthatók, amelyek más módon, mint az állami támogatással megvalósuló paksi bővítéssel ne volnának megoldhatók. Ugyanígy bizonytalan a támogatás arányossága, viszont a beruházás növeli a piaci koncentrációt, ami szintén további versenytorzítást okozhat.