Charles Merryll 1914-ben alapította a céget és még abban az évben csatlakozott Edmund Lynch. A vállalat üzleti filozófiájának középpontjában a tömegek álltak, ügynökök és befektetési tanácsadók és brókerek hadaival kisbefektetők seregeit terelte a pénzpiacra.
A Merrill Lynch többnyire megerősödve került ki az elmúlt évszázad pénzügyi válságaiból, az amerikai ingatlanpiac 2007. évi összeomlása azonban megingatta a bankot, amely nagy tömegben vásárolt jelzálogpapírokat. Ez kényszereladáshoz vezetett, és a pénzintézet a Bank of America birtokába került.