Az ECB egyebek mellett azért aggódik, mert a Pénzügyi Szervezetek Állami Felügyeletének (PSZÁF) korábbi döntéseiből származó fizetési kötelezettségei is a jegybankhoz kerülnek, vagyis azokat az MNB-nek kell viselnie. Ez az ECB szerint aggályokat vet fel a jegybank pénzügyi függetlenségével kapcsolatban. Az Európai Központi Bank szerint a követeléseket nem a jegybanknak, hanem az államnak kellene vállalnia.
Az ECB arra is kitér, hogy az MNB az összevonás után is megtartja azt a gyakorlatot, miszerint a pénzügyi felügyeleti tevékenység finanszírozása a piaci szereplők hozzájárulásából, felügyeleti díjból történik. Mint megemlítik, a függetlenséget akkor lehetne garantálni, ha a hozzájárulás mértékét ezentúl az MNB szabná meg, és külön tüntetné fel a könyvelésében. A jegybank autonómiáját az ECB szerint egy harmadik pont is fenyegeti: mégpedig az, hogy az MNB a PSZÁF minden alkalmazottját átveszi október elsejével.